Amning som skydd mot allergier är ett kontroversiellt ämne där forskarna inte är riktigt överens. Det finns flera faktorer som skulle kunna tänkas påverka resultaten i studierna, till och med komplexiteten i mjölkens sammansättning gör det svårt att dra säkra slutsatser eller göra allt för noggranna jämförelser. De flesta resultat som finns tyder ändå på att amning i minst fyra till sex månader minskar risken för barneksem och astma under de första levnadsåren och att ett visst skydd finns kvar en tid sedan man avslutat amningen.
Det är ovanligare att barn som helammas minst fyra månader fram till tvåårsdagen utvecklar astma, barneksem och allergisk snuva jämfört med barn som inte ammats lika länge. Fortsätter man delamma tills barnet är minst sex månader minskar risken för astma under de två första åren ytterligare. Ungefär 6,5% av barnen har tre eller fler allergiska besvär (hösnuva, barneksem, födoämnesallergi, allergiska reaktioner mot pälsdjur eller pollen).
Luftvägsinfektioner, till exempel förkylningar, antas ibland kunna ha en viss skyddande effekt mot vissa allergier. Resultaten kan verka motstridiga eftersom vissa infektioner tycks skydda medan andra verkar kunna öka risken för astma och allergier. Helamning kan i vissa fall skydda mot astma, troligen därför att antikropparna i mjölken minskar risken att drabbas av luftvägsinfektioner.
Om det redan finns allergier i familjen ökar risken att barnet också ska utveckla allergi. Vad mamman själv äter under graviditet och amningsperioden spelar troligen ingen större roll, det är viktigare att vänta med att introducera annat än modersmjölk tills barnet är fyra till sex månader gammalt om det är möjligt. Det är osäkert hur stor nytta det har att vänta med olika livsmedel efter sex månader eftersom det inte finns entydiga studier. Andra samband som är oklara är hur damm och husdjur påverkar risken att utveckla allergier.
En studie gjord bland barn i fattiga förorter till Kapstaden i Sydafrika visade att allergier i allmänhet och hösnuva i synnerhet var ovanligare bland barn som ammats i mer än sex månader. Särskilt i familjer där ingen förälder var allergisk kunde sambandet mellan amning och allergier ses – ju längre amning desto mindre risk för allergi, däremot fanns inte samma tydliga samband i familjer där det fanns en ärftlighet för allergier.